Marmara Bölgesi'nin Güney Marmara Bölümünde bulunan Balıkesir'in Balıkesir Saat Kulesi ve Şadırvanı bulunmaktadır. Coğrafi konumu genel olarak şu şekildedir: Kuzeyinde Marmara Denizi, güneyinde izmir ve Manisa, güneydoğusunda Kütahya, doğusunda da Bursa illeri bulunmaktadır. Marmara Denizi'ndeki Marmara, Türkeli, Paşalimanı adaları ile Ege Denizi'ndeki Alibey (Cunda) adaları da şehrin sınırları içerisindedir. Marmara Denizi'ne doğru çıkıntı yaparken batısında da Edremit Körfezi Ege kıyısında geniş bir girinti oluşturur. Balıkesir, fazla engebeli bir araziye sahip değildir. Toprakları genellikle büyük ölçüde dalgalı, alçak sırtlarla yarılmış bir plato görünümüne sahiptir. Güney ve doğuda daha da yükselen platonun dağlarla arasında kalan kesimleri, ovalar içermektedir.

Şehrin kuzeybatısında 764 metrelik Karadağ , Erdek ve Bandırma Körfezinin güneyinde 360 metrelik Edincik Dağı, Kapıdağ Yarımadasındaki 803 metrelik Adamkaya Tepesi, Sususrluk ve Kocaçay vadileri arasında 600 metrelik Sularya ve 881 metrelik Gelçal tepeleri önemli yükseltilerindendir. Balıkesir'in en önemli yükseltisi ise, güney ve doğu kesimindeki, Kütahya sınırının bir bölümünde uzanan Alaçam Dağlarının en yüksek yeri olan 1625 metrelik Tilki Tepesi'dir. Şehrin güneybatısında İzmir sınırında uzanan Madra Dağlarının yüksekliği 1.388 metreye ulaşır. Edremit Körfezi'nin güneyindeki Kaz Dağının (diğer adıyla İda Dağı) yüksekliği ise 1.767 metredir. Şehir sınırları içerisinde Balıkesir, Manyas, Gönen, Edremit, Burhaniye, Ayvalık, Sındırgı, İvrindi ve Sususrluk Ovaları bulunur. Balıkesir su kaynakları yönünden de oldukça zengindir. Susurluk Çayı, Gönen Çayı, Koca Çay, Havran Çayı belli başlı akarsularıdır.

Kuş Cenneti, Ulusal Parkı içerisinde bulunan Manyas Gölü, Çaygören Baraj Gölü ve Tabak Gölü de başlıca gölleridir. Orman örtüsü ilin büyük bir kısmına hakimdir. Doğu kesimlerinde ve kıyıdaki dağlık bölgelerde çam, meşe, gürgen, ıhlamur ve kestane ağaçlarından oluşan ormanlar yer almaktadır. Ege kıyılarında ise daha çok maki bitki örtüsünün izleri görülmektedir. Marmara Denizi ve Manyas Gölü deniz ürünleri yönünden önemlidir.

Akdeniz Nakliyat Balıkesir'e şehiriçi nakliyat yapmamaktadır. Balıkesir'den diğer iller, diğer illerden Balıkesir'e nakliyat hizmeti vermektedir.